Mobilizacija brigade izvršena je 17. rujna 1991. na temelju zapovijedi ministra obrane RH. U 1991. mobilizirano je 2.686 vojnih obveznika, a tijekom Domovinskog rata (1991. -1995.) kroz Brigadu je prošlo 8.260 branitelja. U vrijeme mobilizacije Brigada je imala status “R” brigade ZNG-a, a ustrojbeno je pripadala Zapovjedništvu Zagrebačkog korpusa ZNG-a…
Godine 1991. djelovala je na pokupskom ratištu, blokadi vojarni Borongaj-Zagreb i Pleso-Velika Gorica, novogradskom ratištu, 1992. na novogradiškom ratištu, sisačko-banovinskom ratištu, 1993. na slunjskom ratištu, 1994. na ličkom ratištu, 1995. na ličkom ratištu, vojno – redarstvenoj operaciji Oluja, osiguravala je željezničke pruge u Zdenčini, pretres Petrove i Zrinske gore, osiguranje državne granice u rajonu Dvora na Uni.
U Brigadi je tijekom Domovinskog rata poginuo 21 pripadnik; 1991. (11), 1992. (8), 1994. (1) i 1995. (1) ukupno 21 pripadnik ove brigade položio je svoj život za slobodu Hrvatske od srpskog agresora i okupatora hrvatskog teritorija.
Zapovjednici Brigade: Krešimir Soldo, Stjepan Perković, Ivica Babić, Nermin Katadžić, Vlado Blažinović.
Brigada je 20. listopada 1996. primila Zahvalnicu Zapovjedništva Zbornog područja HV-a Karlovac. Zapovjedništvo 99. brigade, u suradnji s Hrvatskim časničkim zborom Peščenica organiziralo je dvije zapažene foto izložbe i izdalo dvije brošure o ratnom putu 99. brigade ZNG – HV-a.
Obilježena 30. obljetnica prve mobilizacije 99. brigade ZNG…
Usprkos kiši i drugim vremenskim neprilikama, dvadesetak nepokolebljivih predstavnika Udruge hrvatskih branitelja DR 99. brigade HV, HČZ Grada Zagreba Podružnica Peščenica i branitelji – pripadnici postrojbe, kod spomenika poginulim braniteljima u Parku 99. brigade HV, danas 17. rujna u 18 sati, položili su vijenac i zapalili svijeće povodom 30. obljetnice prve mobilizacije pripadnika 99. brigade ZNG, kasnije HV.
Uz prigodne riječi zapovjednika brigade pukovnika Babića, prisjetili smo se samih početaka rada postrojbe, prvih odlazaka na teren, cijelog ratnog puta, najtežih ratnih dana i poimence svih poginulih pripadnika postrojbe. Odali smo dužno poštovanje poginulim pripadnicima brigade i svim poginulim braniteljima sa područja Peščenice. Prigodnim riječima skupu se obratio i pukovnik Rudolf Klicper u ime HČZ Zagreb Podružnice Peščenica kao i u ime UHBDR 99. brigade.