Papa Agaton rođen je u Palermu na Siciliji. Nakon 20 godina braka ostao je udovac i stupio u zajednicu benediktinaca. Nakon što je imenovan kardinalom, izabran je za papu 678. godine. Na Petrovoj je stolici bio manje od tri godine, ali je sve osvajao blagom i veselom naravi. Održao je u Rimu o Uskrsu 680. g. crkveni sabor s kojega je poslao poslanicu caru Konstantinu IV. u Carigrad. Uz papu, poslanicu je potpisalo svih 125 prisutnih biskupa, među kojima i biskup iz Istre, dok s ostalog hrvatskog područja nema potpisnika. U Papinu pismu među inima piše: “Između barbarskih naroda, kako Langobarda tako i Slavena, također u sredini Franaka i Gala, nalaze se mnogi od mojih sluga (tj. biskupa), koji se s obzirom na apostolsku vjeru ne prestaju revno mučiti…”
Naši povjesničari Marković, Sakač i naročito Mandić, utvrđuju da se iz toga Papina pisma vidi da su god 680., među nekim slavenskim narodima radili biskupi i da je taj narod još prije te godine već primio kršćanstvo. Taj narod može biti samo hrvatski, jer su ostali slavenski narodi pokrštavani tek pod konac 8. i početkom 9. st., a prema Agatonovoj poslanici već 680. godine među Hrvatima djeluje više biskupa i Hrvati su tada kršćani, piše Bitno.net.
Osim toga povijesnog podatka za nas je još važnije ono što piše u svome djelu ”De administrando imperio”, bizantski car Konstantin Porfirogenet, koji kao suvremenik prvoga hrvatskog kralja Tomislava vlada od 912. do 959. godine. On piše: “Hrvati poslije krštenja postaviše vlastoručni ugovor te se tvrdom i nepokolebljivom vjerom zakleše sv. Petru da nikada neće provaljivati u tuđe zemlje niti ondje ratovati, već da će radije živjeti u miru sa svima koji to budu htjeli. A od Pape su za to dobili molitvu (obećanje) da će se za njih boriti i na pomoć im biti Bog Hrvata, kadgod drugi narodi provale u hrvatsku zemlju i ratom ih uznemire, a Petar, učenik Kristov, obdarit će ih pobjedom.”
Isusovac o. Stjepan Krizin Sakač napisao je o tom u povijesti prvom međunarodnom mirovnom ugovoru zapaženu i važnu raspravu, koja je svojedobno bila prevedena i na španjolski jezik i uvjerljivo dokazuje da bi taj ugovor odgovarao istini, a papa, kojemu car ne spominje imena, ne bi bio nitko drugi nego sveti Agaton.
Taj tekst, usudili bismo se reći, ide u svete stranice naše povijesti i zavrijedio bi da se i kao Hrvati i kao vjernici u nj često udubljujemo. On govori u prvom redu o veoma važnom događaju koji stoji na početku svih kršćanskih naroda, a to je naše pokrštenje. Tim događajem ušli smo sa svim posljedicama u kolo “kulturnih” europskih naroda, jer smo i kao narod počeli proživljavati kršćanski misterij, koji je svojim bogatstvom posvetio tolike naše sinove i kćeri, a onda podigao toliko crkava koje postadoše najtrajniji i najrječitiji svjedoci naše duhovne kulture.
Taj tekst govori i o našoj narodnoj povezanosti s Bogom i s Petrom, Kristovim učenikom. Hrvati se kunu sv. Petru da neće voditi osvajačkih ratova i da će radije živjeti u miru. Koliko su ispunili tu zakletvu, govori nam povijest. Kako je ona često neobjektivno pisana, teško je na temelju svih pisanih dokumenata donijeti pravi sud. Svakako su si tom zakletvom zatvorili vrata osvajačkim pohodima, postavili si je kao ideal, a vjerujemo da su ga velikim dijelom i ostvarili. Ono blaženstvo koje je Isus uvrstio u svoj programatski govor na gori: “Blago mirotvorcima, jer će se zvati Božji sinovi! (Mt 5,9). A zato su primili i naročitu Božju zaštitu, pa su se kroz svoju, uistinu, tešku povijest, na ovoj vjetrometini udarani i potiskivani sa svih strana, uspjeli ipak održati kao narod sve do danas.
Povezanost sa sv. Petrom, prvim papom, već na početku naše povijesti, pa ugovor s papom Agatonom valjda je razlog da su Hrvati kroz svu svoju povijest ostali vjerni papinstvu i Rimu, otklonivši uvijek odlučno napast, bilo raskola, bilo krivovjerja. I to je, sigurno, bila velika milost našem narodnom biću koja bi morala biti sveta obveza i za budućnost.
Papa Agaton je svoje poslovno umijeće iskoristio i u prvom slučaju, kada su se engleski biskupi obratili za savjet Rimu. Bilo je to kada su se sv. Wilfrid od Yorka i sveti Teodor od Canterburya obratili Rimu radi razgraničenja biskupija. U engleski York vratio je svrgnutog biskupa Wilfrida, a na britanski je otok poslao i benediktinskog opata nadkantora Ivana, kako bi ovaj Engleze poučio gregorijanskom pjevanju i tako proširio rimsku liturgiju.
Najvažniji događaj Agatonova pontifikata je Šesti ekumenski sabor u Carigradu, zvan Trulski. Sabor je bio 680. i 681. godine, ali mu Papa na žalost nije dočekao kraj. Na tom je Saboru osuđena monoteletska hereza koja je tvrdila da su u Isusu dvije naravi, ali samo jedna volja.
Za donošenje odluke bila su značajna dva Agatonova pisma upućena Saboru.
Sveti Agaton umro je 10. siječnja 681. godine, a tijelo mu počiva u crkvi sv. Petra u Rimu. Nad grobom mu je uklesan natpis u latinskoj pjesmi od 12 stihova.